财政企业专项资金管理系统包括“专项资金”频道、项目管理系统和后台项目管理数据库，实现财政专项资金的专项资金介绍、网上申报、历年支持项目、投诉与建议、信息共享、项目办理、数据分析、历史数据上传和数据存档等功能，项目管理数据库中存放项目申报信息、项目管理信息、信息发布数据和项目历史数据等数据。

实现企业进行项目申报的“因特网受理、政务外网办理”。项目申报企业通过统一入口（专项资金频道）进行网上项目申报。所有项目申报信息立即通过项目管理平台传递到各项目管理部门进行统一处理（项目管理系统）。项目管理部门将办理过程中的节点信息（项目初审信息、部门审核信息等）及时反馈到项目管理系统，供领导和其他各相关部门查询。项目审批结果信息可发布到“专项资金”频道进行项目公示。